该实验室成立于2011年2月，主要开展藻类资源的收集、筛选、研发和利用。工作内容有微藻选育、微藻生物柴油研发、EPA和 DHA的纯化、微藻处理污水、微藻藻壳处理重金属、藻多糖和淀粉成分分析及应用等，初步形成了藻类培养筛选、藻油脂提取、藻醇生产、藻类处理污水等藻类新能源生物转化新技术开发和中试平台。目前已完成藻类多糖生产乙醇的糖化研究，水解效率达90%以上；完成了优选藻种在摇床和充气培养下处理污水的差异性研究；利用脂肪酶TLIM进行干燥酯交换反应，提高藻内脂类含量，确定了生产生物柴油的优势藻种以及获得了高效的生产工艺技术；利用破囊弧菌制备多不饱和脂肪酸（DHA）；太湖流域浮萍品种鉴定、优选高淀粉浮萍以及生物乙醇转化。