联系方式

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办公室：深圳研究生院E栋204室

电子邮箱：yuke.sz@pku.edu.cn

教育与工作经历

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2023.6-至今，北京大学，环境工程、计算机应用科学，双学科博导；

2016.7-至今，beat·365体育(中国)-官网平台，助理教授，环境工程博导；

2014-2016，加州大学伯克利分校，博士后；

2010-2014，香港大学工学院环境工程，博士；

2024.8-至今，Microbiome杂志高级编辑（senior editor）

研究方向

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研究关注于极端环境及人体系统的微生物，开发

1）痕量遗传物质富集及测序技术

2）基于人工智能技术的多宏组软件、算法及分析流程开发

3）多组学高精度数据解析和定向富集培养技术，以此发掘地球演化过程中的特殊微生物类群及其在特殊生物制剂生产、环境修复与改造中的应用潜能

拟招生方向

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以水环境科学与工程方向招生，每年招收约一名博士生及二至四名硕士生。主要招生相关专业（但不限于以下）：生命科学类学科、环境科学与工程类、计算机及应用数学。

教授课程

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秋季：数据可视化与分析方法

春季：环境生物信息学方法

科研项目

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1. 2025-2028，基于多宏组学数据及深度学习模型构建原核微生物的全局操纵子序列数据库及其应用，国家自然科学基金面上基金项目（项目编号32470697），主持；

2. 2021-2026，代谢调控导向的微生物组-宿主-药物互作网络与信号传递机理，国家重点研发计划“生物大分子与微生物组”重点专项（项目编号2021YFA1301300），子课题负责人；

3. 2020-2024，黄河甘宁蒙段典型污染物对鱼类生存繁衍的潜在影响及参与生态流量研究，国家自然科学基金重点项目（项目编号：51939009），协助单位负责人；

4. 2018-2020，基于多维组学技术解译厌氧氨氧化细菌对亚硝酸盐胁迫与分子氧胁迫响应的分子机制，国家自然科学基金青年科学基金项目（项目编号51709005），主持。

5. 2024-2026，基于深度学习模型预测原核生物操纵子完整功能结构，北京大学科学智能（AI4S）交叉研究专项，主持。

研究成果

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共发表SCI论文80余篇，其中以第一作者或通讯作者身份在顶级综合性期刊Nature Communications及Microbiome，Environmental Science & Technology，Water Research 等微生物组学、环境科学与工程等多个领域的期刊发表相关论文SCI 论文 30余篇，总引用次数4500余次（Google Scholar），单篇最高他引370余次，H指数32（Google Scholar）。其中，以第一作者发表的世界上首篇应用宏转录组技术解析活性污泥微生物的论文，被丹麦奥尔本大学的世界污水处理微生物的权威专家Per H Nielsen教授上评为近50年来解析活性污泥微生物生态的20篇里程碑式研究技术型论文之一；另一篇多宏组学技术论文被佐治亚理工大学的著名分子生物学及细胞生物学讲席教授Marvin Whiteley评价为革新了菌间互作研究的方法，为未来研究提供了崭新的途径。以下为部分代表论文（#为一作，*为通讯作者）：

[1] Z Qiu^#, L Yuan, C Lian, B Lin, J Chen, R Mu, X Qiao, L Zhang, Z Xu, L Fan, Y Zhang, S Wang, J Li, H Cao, B Li, B Chen, C Song, Y Liu, L Shi, Y Tian, J Ni, T Zhang, J Zhou, W Zhuang, K Yu^#*. BASALT refines binning from metagenomic data and increases resolution of genome-resolved metagenomic analysis, Nature Communications, 2024, 15:2179.

[2] R Keren^#, J E.Lawrence^#, W Zhuang, D Jenkins, J F.Banfield, L Alvarez-Cohen, L Zhou*, K Yu*. Increased replication of dissimilatory nitrogen-reducing bacteria leads to decreased anammox reactor performance. Microbiome, 2020, 8:7.

[3] K Yu*^#, S Yi^#, B Li, F Guo, X Peng, Z Wang, Y Wu, L Alvarez-Cohen, T Zhang*. An integrated meta-omics approach reveals substrates involved in synergistic interactions in a bisphenol A (BPA)- degrading microbial community. Microbiome, 2019, 7: 16.

[4] C Deng^#, T Chen^#, Z Qiu, H Zhou, B Li, Y Zhang, X Xu, C Lian, X Qiao, K Yu*. A mixed blessing of influent leachate microbes in downstream biotreatment systems of a full-scale landfill leachate treatment plant. Water Research, 2024, 253: 121310.

[5] Y Geng^#, Z Xiong, Li Yang*, C Lian, S G.Pavlostathis, Z Qiu, H Chen, Q Luo, Y Liu, Z Liu, P Shao, J Zou, H Jiang, S Luo, K Yu*, X Luo*. Bidirectional enhancement of nitrogen removal by indigenous synergetic microalgal− bacterial consortia in harsh low-C/N Wastewater. Environmental Science & Technology, 2024.

[6] L Chen^#, K Yu^#, C Huang, L Yu, B Zhu, PK Lam, JCW Lam, B Zhou*. Prenatal transfer of polybrominated diphenyl ethers (PBDEs) results in developmental neurotoxicity in zebrafish larvae. Environmental Science & Technology, 2012, 46(17): 9727-9734.

[7] X Qiao^#, L Ding, F Fang, C Fu, R Wei, Y Chen, S Zheng, X Wang, Y Yan, K Yang, N Xu, H Tao, K Yu*, L Zhang*. An integrated meta-omics approach reveals the different response mechanisms of two anammox bacteria towards fluoroquinolone antibiotics. Environment International, 2024, 185: 108505.

[8] Z Qiu^#, Y Zhu, Q Zhang, X Qiao, R Mu, Z Xu, Y Yan, F Wang, T Zhang, W Zhuang, K Yu*. Unravelling biosynthesis and biodegradation potentials of microbial dark matters in hypersaline lakes. Environmental Science and Ecotechnology, 2024, 20: 100359.

[9] Z Qiu^#, S He^#, C Lian, Q Zhang, X Qiao, C Yao, R Mu, L Wang, X Cao, Y Yan, K Yu*. Large scale exploration reveals rare taxa as key members shaping microbial assembly in alkaline lake sediments. npj Biofilms & Microbiomes, 2024, 10: 62.